Trước khi cài đặt Windows 2000 và Windows XP trên một máy tính bạn cần chuẩn bị những phân vùng đĩa khác nhau cho các HĐH này. Nói một cách dễ hiểu, bạn phải phân chia một đĩa cứng vật lý thành những ổ luận lý mang các tên như C hoặc D, nếu bạn chỉ có một đĩa cứng. Để làm điều này, bạn có thể sử dụng các tiện ích phân vùng ổ đĩa rất tốt như Partition Magic hoặc System Commander.
Để Windows 2000 và Windows XP tồn tại trên cùng một máy, bạn phải cài đặt mỗi HĐH trên một phân vùng đĩa riêng. Tất nhiên các ứng dụng của mỗi HĐH cũng phải được cài đặt trên phân vùng chứa HĐH đó. Việc cài 2 HĐH này trên những phân vùng đĩa riêng tránh cho những file quan trọng của 2 HĐH này bị ghi đè lên nhau.
Mặc dù cả Windows 2000 và Windows XP đều hỗ trợ FAT và FAT 32, nhưng định dạng NTFS mới là đặc điểm đáng giá của 2 HĐH này. Do vậy, khi cài đặt, bạn nên chọn định dạng đĩa NTFS cho cả 2 phân vùng đĩa.
Nói chung, bạn nên cài đặt Windows 2000 trước khi cài Windows XP. Không nên cài Windows XP lên một đĩa nén trừ phi nó được nén dưới định dạng NTFS. Bạn cũng cần lưu ý một thủ thuật sau: để tiết kiệm đĩa cứng, bạn nên cài đặt những ứng dụng dùng chung cho cả 2 HĐH ở một vị trí nhất định. Giả sử, bạn cài đặt Microsoft Office ở cả 2 HĐH nhưng chỉ phải đặt ở một vị trí
